Животные, слишком привыкшие к комфортному зоопарку, решают покинуть Мадагаскар, на который они попали в первой части. Для этого они починили самолет, который когда-то потерпел крушение на их острове, с собой друзья решают взять Короля Джулиана и Мориса. Но, к несчастью, самолет вынужден совершить аварийную посадку в Африке, по причине нехватки топлива. Друзьям надо двигаться дальше, но Алекс неожиданно встречает своих родителей... Поэтому планы животных резко меняются, и веселая четверка решает остановиться в Африке на более длительное время. и за это время каждый из животных делает для себя множество разнообразных открытий, вобщем жизнь становится веселой и насыщеной.
